RAPTOR

Opis

RAPTOR je inovativan softver dizajniran za precizno predviđanje strukture proteina. Kombinira napredne alate za analizu u jednom integriranom softverskom rješenju i pruža tri različite metode navoja. RAPTOR-ov jedinstveni pristup optimizaciji cjelobrojnih programa najučinkovitiji je za pronalaženje strukturnih predložaka ciljeva s homologijom niskog slijeda i sposoban je generirati modele visoke kvalitete. Jednostavno sučelje i lako razumljive vrijednosti E idealne su za početnike i stručnjake. Iznad svega, intuitivni prikaz rezultata omogućuje korisnicima razumijevanje rezultata samo na prvi pogled. S obzirom na ciljanu sekvencu proteina, ako postoji homologni protein s poznatom 3D strukturom, on se može pronaći pomoću alata za traženje sekvenci poput PSI-BLAST, također u RAPTOR-u. Struktura cilja se zatim gradi iz poznate strukture; međutim, kada homologija niza nije značajna, tj. manja od 25%, PSI-BLAST ne može doći do sigurnog pogotka. Za razliku od PSI-BLAST-a, koji jednostavno pretražuje sekvence, navoja proteina, prepoznavanje nabora, koristi informacije o homologiji i strukturi. Skenira sekvencu proteina s nepoznatom strukturom u odnosu na bazu podataka poznatih struktura. Korištenjem funkcije bodovanja i provođenjem analize kompatibilnosti između trodimenzionalnih struktura i linearnih proteinskih sekvenci, identificirat će se najbolji strukturni predložak iz kojeg će se graditi struktura sekvence. Kao rezultat, navoj proteina daje superiornije predviđanje od modeliranja homologije kada postoji homologija marginalne sekvence.